紹興鴨的保護和開發始于20世紀70年代，對兩個自然類群(紅毛綠翼梢、帶圈白翼梢)進行提純復壯。建立紹興鴨原種場后，對數量較少的白羽紹鴨也進行專門保護、選育和培育。紹興鴨蛋殼顏色有青色和玉白色，青殼蛋不易破損，20世紀90年代末又選育出青殼蛋系。

目前紹興鴨有3個自然類群和一個選育品系。根據《畜禽品種瀕危程度的確定標準》，紹興鴨的帶圈白翼梢類群和紹興鴨青殼系（青殼系雖是新培育品系，但保種和養殖數量很大）屬無危險群系。然而，紹興鴨的紅毛綠翼梢和白羽紹鴨類群數量較少，趨于瀕危。